В XVIII - XIX вв. захоронения производились не только на кладбищах, но и в церквях. Эти могилы даже для привилегированных лаврских некрополей считались наиболее престижными, и места для захоронений стоили чрезвычайно дорого. Как правило, на них устанавливались художественные надгробия. И сейчас можно увидеть великолепные надгробия в Благовещенской церкви и Лазаревской усыпальнице, как находившиеся там изначально, так и перенесенные. Что же касается захоронений других лаврских церквей, которые не были переданы музею, то они практически были уничтожены. Это касается Исидоровской, Федоровской, так и Духовской церкви.

Духовская церковь (во имя Сошествия Св. Духа), была освящена в 1822 г. С самого начала в ней было предусмотрены могильные места и несколько склепов. До революции 1917 г. в Духовской церкви насчитывалось более 150 захоронений. Среди наиболее известных имен — могилы канцлера В. П. Кочубея; графа М. А. Милорадовича, погибшего в 1825 г. на Сенатской площади; графа Н. Н.  Новосильцева, члена "Негласного комитета"; А. С. Протасовой, доверенной камер-фрейлины Екатерины II; племянницы Г. А. Потемкина Е. В. Литта; митрополита Михаила Десницкого и других.
Там же были похоронены директор Императорской Публичной библиотеки в 1843 - 1849 гг. Дмитрий Петрович Бутурлин (1790 - 1849) и помощник директора в 1833 - 1835 гг. Александр Григорьевич Кушелев-Безбородко (1800 - 1855).

В середине 1930-х годов Духовская церковь была закрыта, и специальная комиссия, куда входили представители от Института истории, Государственной Академии материальной культуры, Пушкинского Дома, высказалась за присоединение ее музею. Но в 1936 г. городскими властями было принято другое решение, и церковь была передана организации "Ленгорплодоовощ". Часть памятников успели перенести в Лазаревскую и Благовещенскую усыпальницы, вошедшие в состав музея художественного надгробия, другие же были разрушены. В том числе и могилы Д. П. Бутурлина и А. Г. Кушелева-Безбородко. Позже в церкви располагались отделение Осоавиахима, склад и другие учреждения подобного рода.